Batman: Arkham Origins se passa na véspera de Natal, anos antes dos acontecimentos em Arkham City e Arkham Asylum, onde o chefão mafioso Máscara Negra é um dos problemas do Homem-Morcego. E ele não é o único. Outros oito dos super-vilões do universo DC Comics (incluindo o Exterminador) também estão dispostos a pegar o maior detetive do mundo.

O jogo oferece o sistema de combate conhecido da franquia incluindo novas habiliades, táticas e outros tipos de inimigos. Metade do jogo se passa em "Old Gotham" e a outra em "New Gotham", que é descrita como um lugar com imensos arranha-céus e com o dobro do tamanho da primeira. Será possível destruir torres de redes hackeadas que bloqueiam o voo do Batwing, param os sensores e diminuem as habilidades de Batman em pontos estratégicos do mapa.